Der Bau aus dem späten 12. Jahrhundert weist – durch das Basler Erdbeben von 1356 bedingt – einige gotische Bauteile auf: Das Gewölbe des Mittelschiffs, der obere Teil des Chores im Innern, sowie die Fassade und die Türme (noch zwei der ursprünglichen fünf) sind nach dem Einsturz im gotischen Stil wieder aufgebaut worden.
Die ehemalige Bischofskirche war der heiligen Maria geweiht. Seit der Reformation im Jahr 1529 ist das Basler Münster eine reformierte Gemeindekirche. Die einst prachtvolle Ausstattung mit 40 Altären und vielen Bildwerken wurde entfernt. Ein Teil des prunkvollen Münsterschatzes kann heute im Historischen Museum bewundert werden.
Zu den vielen Sehenswürdigkeiten zählen unter anderem: Die Kanzel (Sandstein, 1486), das Chorgestühl (letztes Drittel 14. Jh.), die romanischen Kapitelle im Schiff und im Chor (12. Jh.), das Grabmal der Königin Gertrud Anna, (Gemahlin von Rudolf von Habsburg,1281 gestorben), die Apostel- und Vincentiustafel (um 1100) und das Epitaph von Erasmus von Rotterdam (1536 in Basel gestorben).