Im Mittelalter wurden die Kosten für den Bau und die Ausschmückung des Münsters aus folgenden Einnahmen finanziert: Dem Ertrag aus Ablässen, verschiedenen Schenkungen und Gaben (Pelze, Rüstungen, Kleider, Becher, Getreide, Wein u.s.w.), Zinsen aus Liegenschaften, Gebühren für Beerdigungen (je mehr Glocken beim Sterbegeläut erklangen, desto teurer war es), sowie Sammlungen (vor dem Chor war ein besonderer Altar mit Büchse aufgestellt).

Nach der Reformation, als das Münster in den Besitz des Rates der Stadt überging, wurden die Unterhaltskosten aus den Mitteln der verschiedenen Schaffneyen und der Dompropstei genommen, und ab 1803 hatte die Kirchen- und Schulgutsverwaltung dafür aufzukommen.

Heute (seit der Trennung von Kirche und Staat) trägt der Kanton Basel-Stadt drei Viertel der Kosten des äusseren Unterhalts, der Dächer und Türme sowie des Kreuzganges. Die Evangelisch-reformierte Kirche Basel-Stadt übernimmt sowohl das weitere Viertel dieser Kosten wie auch den gesamten Unterhalt der übrigen Bauteile, insbesondere die Arbeiten im Kircheninnern.

Stiftung Basler Münsterbauhütte
1985 wurde die Stiftung Basler Münsterbauhütte gegründet, an der sowohl die Kirche, der Kanton wie auch die Christoph Merian Stifung beteiligt sind. Der Stiftungsrat setzt sich wie folgt zusammen: ein Vertreter des evangelisch-reformierten Kirchenrates, ein Vertreter der Münstergemeinde, der Münsterbaumeister, zwei staatliche Vertreter und ein Vertreter der Christoph Merian Stiftung.

Die Stiftung der Basler Münsterbauhütte hat nach wie vor die Aufgabe, den Unterhalt des Basler Münsters und insbesondere den Betrieb der Bauhütte zu betreiben und zu fördern.

Münsterbaukommission
Die Münsterbaukommission hat dabei die Aufgabe, die verschiedenen Interessen und Aufgaben zu koordinieren. Sie besteht aus Vertretern der Kirche und dem Staat: je einem Delegierten des Kirchenrates und der Münstergemeinde, dem Hauptpfarrer des Münsters, einem Mitglied zur Wahrung der kunsthistorischen Interessen, zwei Vertretern des Kantons und dem Münsterbaumeister. Mit beratender Stimme haben zudem der Kantonale Denkmalpfleger, der Kantonsarchäologe sowie der kirchliche Bauverwalter Einsitz.

Förderverein "Freunde der Basler Münsterbauhütte"
Im Jahr 1986 fand die Gründung des Fördervereins "Freunde der Basler Münsterbauhütte" statt. Der Verein ist sowohl für die Öffentlichkeitsarbeit wie auch für die Beschaffung von zusätzlichen finanziellen Mittel verantwortlich. Im Vorstand sind neben verschiedenen Mitgliedern der Sekretär der Münsterbaukommission und der Münsterbaumeister vertreten. Im Jahr 2000 konnte der Verein das 1000. Mitglied willkommen heissen.